دانش آموزان با شرکت در مراحل مقدماتی( مدرسه ای) ، میانی(استانی) و نهایی به رقابت پرداخته و برگزیدگان مرحله نهایی در اردوی کشوری برگزیدگان که هر ساله به میزبانی یکی از استان ها برگزار می گردید حضور می یافتند.
در مرحله مقدماتی مدارس استعدادهای درخشان، مسابقات را به صورت داخلی برگزار و نفرات برتر خود را بر اساس سهمیة در نظر گرفته شده برای هر مدرسه، جهت شرکت در مرحلة میانی معرفی میکنند.
مسابقات مرحلة میانی کنگره به صورت استانی و به میزبانی یکی از مدارس استعدادهای درخشان در هر یک از دو بخش دختران و پسران، به مدت دو روز با حضور افراد منتخب مدارس و نیز با حضور ناظران اعزامی از ادارات استعدادهای درخشان استان برگزار می شود.
پس از برگزاری مرحله استانی کنگره و ارسال گزارش و مستندات برگزاری این مرحله به دبیرخانة کنگره (ستاد مرکزی سمپاد)، نفرات برگزیدة مرحلة میانی کنگره (طبق سهمیة اعلام شده) در هریک از مناطق کشوری مشخص شده و از برگزیدگان، برای حضور در مرحلة نهایی کنگره دعوت به عمل می آیدو این مرحله از مسابقات در 14 استان برگزار میشود.
شایان ذکر است، در شهریورماه 1393 نیز مرحله نهایی (منطقه ای) بیست و دومین کنگره سراسری قرآن کریم سمپاد در 14 استان میزبان در حال برگزاری می باشدکه از نفرات اول تا سوم هر رشته جهت حضور در اردوی کشوری کنگره که در پاییز 1393 در استان اصفهان برگزار خواهد.